Le projet HydroGen3 vise en premier lieu à améliorer les performances et le fonctionnement au quotidien du système de propulsion. Au cours de ce projet, certains organes nécessaires sur HydroGen1 ont pu être supprimés, d’où une réduction du poids, atteignant l’objectif fixé, soit 1.590 kg. L'organe le plus encombrant dont l'équipe de développement a pu se passer sur HydroGen3 est la batterie tampon hautes performances. Sur Hydrogen1, cette réserve d'énergie avait la charge d'assumer les pics de demandes d'énergie du groupe motopropulseur. Le procédé amélioré du système de pile à combustible d’Hydrogen3 est capable de fournir la puissance requise seul et instantanément. Résultat : d’une part un gain de 100 kg, et d’autre part, l’abaissement du plancher du coffre du Zafira à pile à combustible, qui retrouve sa position initiale, et autorise dès lors le même volume de chargement que le véhicule de série.
HydroGen3 utilise de l'hydrogène pur pour générer l'électricité qui alimente le moteur électrique du prototype. Cet hydrogène est stocké à bord sous forme liquide à – 253° dans un réservoir en acier inoxydable. Un maximum d'isolation est assuré par le vide créé entre les parois extérieure et intérieure et la superposition de plusieurs couches de feuilles d'aluminium. Le réservoir, d'un volume de 68 litres, est positionné en avant de l'essieu arrière sous la banquette arrière (le siège est rehaussé de 25 mm pour le loger). Il permet une autonomie d'environ 400 kilomètres. La batterie de piles, nettement plus petite que celle d'avant, développe 94 kW en continu (80 kW auparavant) avec une pointe de 129 kW (contre 120 kW). Elle fournit l'énergie qui alimente le moteur triphasé asynchrone de 60 kW (82 ch). Grâce à ce groupe propulseur à fort rendement, le Zafira à pile à combustible franchit le 0 à 100 km/h en 16 secondes, et atteint une vitesse de 150 km/h.